Mit dem PatternDiffer haben Sie die Möglichkeit, in zwei verschiedenen Dateien gleiche Datensequenzen zu finden. Bei vorhandenen identischen Datensequenzen werden diese tabellarisch in textueller und hexadezimaler Ansicht dargestellt. Zusätzlich hat man die Möglichkeit, die Ergebnisse der Analyse in eine XML Datei für die weitere maschinelle Verarbeitung zu exportieren. Da die Daten auf binärer Ebene analysiert werden, ist ihre Struktur nicht von Bedeutung. Vereinfacht dargestellt kann man sagen, dass bei der Analyse die größten zusammenhängenden Sequenzen zweier Dateien ermittelt werden.

Der Algorithmus sucht in beiden Datenstrukturen nach gleichen Sequenzen. Die Anzahl der verschiedenen Sequenzmöglichkeiten ist sehr hoch. Die Laufzeit der Analyse beträgt O(n) = n³. Hierbei wird die erste optimale Lösung angezeigt. Andere mögliche Lösungen werden hier nicht weiter beachtet. Restriktionen wie "Binäre Null ignorieren" oder "kleinste Sequenzlänge" beschleunigen den Suchvorgang.