JFileSync synchronisiert den Inhalt mehrerer Verzeichnispaare. Hierzu wird der letzte Stand in einer Textdatei gespeichert und Änderungen auf beiden Seiten (ändern, erstellen, löschen) jeweils auf die andere Seite synchronisiert. Nach der Auswahl der zu synchronisierenden Verzeichnisse (die auch abgespeichert werden kann) wird eine Tabelle aller Aktionen angezeigt, die jFileSync ausführen muss, um die Verzeichnisse synchron zu bekommen. Wenn die Aktion "klar" ist (die Datei hat sich nur in einem Verzeichnis geändert), ist sie schon vorausgewählt. Ansonsten kann der Benutzer wählen, wie mit der Datei verfahren weden soll. Nach Bestätigung der Tabelle werden alle Aktionen durchgeführt. Eventuell verbleibende Aktionen (wenn sich während des Synchronisierens wieder was ändert) führen zum Darstellen einer weiteren Tabelle.